うみうしの日誌

~(・ ω ・)~nullnull

アンブレラサンプリングとPMF計算

Gromacsにできることの一つに、アンブレラサンプリング法というものがある。詳しい説明はググってもらいたい。 私の雑な理解としては、時間発展を諦める代わりにある反応座標(2集団の重心の距離とか、座標とか)におけるエネルギーが計算できる。このエネル…

Gromacsをとりあえず使ってみる

理論をやっている人がどういうモチベーションで分子動力学シミュレーションをするのかちょっと見当がつかないが、実験科学者からするとまずとりあえず使ってみてから考えるというのが1つのアプローチだと思う。私はそうだった。 しかしGromacsはバイナリの配…

Gromacsでシミュレーションしてみる

私のいる研究室では脂質膜とペプチド・タンパク質の相互作用について研究している。だが、相互作用自体の研究というよりはそれを利用した応用の研究で、あまり物理化学やバイオインフォマティクス的手法で研究をすることはない。 個人的にはシグナルが絡まな…

生化夜話

酵素は以前はタンパク質であると考えられていたが、これはもはや信じられていない。(ブリタニカ百科事典、1929年) 生化夜話 第1回:酵素の-aseは誰のアイディア?「研究者が飲み会で話せる生化学関係のネタを提供する」ことをコンセプトとして連載されてい…

ヴォイニッチ

ヴォイニッチ写本の謎作者: ゲリーケネディ,ロブチャーチル,Gerry Kennedy,Rob Churchill,松田和也出版社/メーカー: 青土社発売日: 2005/12/01メディア: 単行本購入: 6人 クリック: 148回この商品を含むブログ (41件) を見る謎が多い。一冊の本が丸々謎の言…

酩酊おじさん

フィネガンズ・ウェイク 1 (河出文庫)作者: ジェイムズ・ジョイス,柳瀬尚紀出版社/メーカー: 河出書房新社発売日: 2004/01/07メディア: 文庫購入: 2人 クリック: 118回この商品を含むブログ (58件) を見る意味が分からないことで有名な「フィネガンズ・ウェ…

首切り役人

ある首斬り役人の日記 (白水Uブックス)作者: フランツ・シュミット,藤代幸一出版社/メーカー: 白水社発売日: 2003/12/11メディア: 新書購入: 2人 クリック: 10回この商品を含むブログ (23件) を見るひたすら記録である。 ドイツの首切り役人の手記をまとめた…

アゴタ・クリストフ

悪童日記 (ハヤカワepi文庫)作者: アゴタクリストフ,Agota Kristof,堀茂樹出版社/メーカー: 早川書房発売日: 2001/05/01メディア: 文庫購入: 100人 クリック: 3,630回この商品を含むブログ (275件) を見るふたりの証拠 (ハヤカワepi文庫)作者: アゴタクリス…

草思社

数学小説 確固たる曖昧さ作者: ガウラヴスリ,ハートシュ・シンバル,Gaurav Suri,Hartosh Singh Bal,東江一紀出版社/メーカー: 草思社発売日: 2013/02/01メディア: 単行本この商品を含むブログ (2件) を見る数学を題材にした数学は案外多くない。メジャーな所…

数学好き と 数学者好き

私は数学が好きだ。 しかし、数学に対する誠実さが自分にはないので「数学好き」を公言することはためらわれていた。 数学を愛している。いるが、どうしても誠実になりきれない。どうしたものかと思っていたところ、この本に出会った。数学者ザリスキーの生…

6単語の物語

For sale: baby shoes, never worn 売ります。赤ん坊の靴、未使用ヘミングウェイ

戦場のニーナ

戦場のニーナ (講談社文庫)作者: なかにし礼出版社/メーカー: 講談社発売日: 2010/01/15メディア: 文庫購入: 2人 クリック: 2回この商品を含むブログ (1件) を見る正直なところ、国への帰属というか、「自分はまさに○○人なのだ!」という感覚はよく分からな…

冷たい方程式

冷たい方程式 (ハヤカワ文庫SF)作者: トム・ゴドウィン・他,伊藤 典夫出版社/メーカー: 早川書房発売日: 2011/11/10メディア: 文庫購入: 2人 クリック: 28回この商品を含むブログ (34件) を見る私は少しハッピーエンドに慣れ過ぎたのかもしれない。

冲方丁「天地明察」より

理を説くこと高尚といえども術を解することうかつなる者はすなわち算学の異端なり 関孝和理屈を説くのは高尚であるが、術を立てられぬようでは算学として異端である。 私の周りに数学が好きという人は多い。ただ、ややこしい計算やその方法を嫌って、理屈だ…

九人のズールー族の女王が中国を治めた

数体系の記号の覚え方。Nine Zulu Queens Ruled China.N:自然数(natural numberより) Z:整数(ドイツ語のzahl「数」より) Q:有理数(英語のquotient「商」より) R:実数(real numberより) C:複素数(complex numberより)集合の小さい方から順に並んでいる。 ちな…

道尾秀介 日常の謎

光作者: 道尾秀介出版社/メーカー: 光文社発売日: 2012/06/08メディア: 単行本(ソフトカバー) クリック: 1回この商品を含むブログ (23件) を見る久しぶりに道尾秀介を読んだ。「カラスの親指」か「ラットマン」くらいまでで読むのを止めていたので、この本…

ペンギン・ハイウェイ

ペンギン・ハイウェイ (角川文庫)作者: 森見登美彦,くまおり純出版社/メーカー: 角川書店(角川グループパブリッシング)発売日: 2012/11/22メディア: 文庫購入: 17人 クリック: 459回この商品を含むブログ (75件) を見る聡明な小学生アオヤマ君と不思議なお姉…

時の娘

時の娘 ロマンティック時間SF傑作選 (創元SF文庫)作者: R・F・ヤング他,ジャック・フィニイ,中村融出版社/メーカー: 東京創元社発売日: 2009/10/10メディア: 文庫購入: 9人 クリック: 1,015回この商品を含むブログ (71件) を見る時間SFは話の構造が複雑にな…

語呂合わせ2

解剖学用語で最も長い単語 M.ステルノクレイドマストイデウス(胸鎖乳突筋)覚え方 Aさんには欲しいものがある。Bさんはそれを持っているが、要らなそうな素振りを見せている。AさんはBさんがそれを捨ててしまわないか気にかけている。捨てるようなら、自分に…

語呂合わせ

クエン酸回路 クエン酸→イソクエン酸→α-ケトグルタル酸(オキソグルタル酸)→コハク酸→フマル酸→リンゴ酸→オキサロ酢酸→クエン酸→……覚え方 クエンさん、急(イソ)いで蹴飛(ケト)ばし怖く(コハク)なり、踏まれ(フマル)たリンゴを置き去り(オキサロ)に。

牛乳はよくかんで

牛乳をよく噛むように言われるのはお腹を下さないようにするためであるが、それはどのような根拠によるものだろうか。 今日、人と話していてこの話になったので、ふざけていないで彼と二人で少し考えてみた。そもそも、牛乳を飲んでお腹を壊すのは何故だろう…

三角形分割 続き

例えばこんな感じ これが(おそらく)唯一の最小手数の線分の引き方。1.鈍角、直角は2つ以上に分ける。 2.直線は3つ以上に分ける。 3.平面は5つ以上に分ける。 4.新たに鈍角、直角三角形を作らない これらをルールに線分を引いていけば、自然とこの形になるは…

三角形分割

トポロジーの話ではなくて。 上の鈍角三角形の内部に何本か線分を引いて、鋭角三角形だけになるように分割するとしたら、最小で何本の線分が必要だろうか。

平岡あみ

短歌の人ねぇ父よ十八までは数えてよわたしこのあいだ十八になった母が泣く跪いて母が泣く私は手首をつかまれているともだちは実は一人だけなんです認めるまでに勇気が必要 (平岡あみさんのブログより)本も出ているらしい。買ってみようか

レ・コスミコミケ

レ・コスミコミケ (ハヤカワepi文庫)作者: イタロ・カルヴィーノ,米川良夫出版社/メーカー: 早川書房発売日: 2004/07/22メディア: 文庫購入: 4人 クリック: 47回この商品を含むブログ (96件) を見るなんだか不思議な話。語り部の名がQfwfqであることに惹かれ…

折れた竜骨

折れた竜骨 (ミステリ・フロンティア)作者: 米澤穂信出版社/メーカー: 東京創元社発売日: 2010/11/27メディア: 単行本 クリック: 92回この商品を含むブログ (121件) を見るついでと言ってはなんだが、お気に入りの一冊。これも、下二つと同じ位の時代のイン…

ヴァイキングの生き様

シールド・リング―ヴァイキングの心の砦作者: ローズマリサトクリフ,Rosemary Sutcliff,山本史郎出版社/メーカー: 原書房発売日: 2003/12メディア: 単行本この商品を含むブログ (3件) を見る衰退しつつある砦に暮らすヴァイキングの話。略奪だなんだとあっさ…

本当の戦士

ヴィンランド・サガ(1) (アフタヌーンKC)作者: 幸村誠出版社/メーカー: 講談社発売日: 2006/08/23メディア: コミック購入: 14人 クリック: 195回この商品を含むブログ (211件) を見るお気に入りの漫画。とりあえず一巻の書影。ヴァイキングの話。ただ、戦の…

トリツカレ男

トリツカレ男 (新潮文庫)作者: いしいしんじ出版社/メーカー: 新潮社発売日: 2006/03/28メディア: 文庫購入: 9人 クリック: 43回この商品を含むブログ (194件) を見る一つのものごとに並外れて没頭してしまう男、ジュゼッペの話。度々何かに取りつかれるから…

ミドリムシ人間

R62号の発明・鉛の卵 (新潮文庫)作者: 安部公房出版社/メーカー: 新潮社発売日: 1974/08/27メディア: 文庫購入: 1人 クリック: 9回この商品を含むブログ (42件) を見る短編集、というか作品集。大体SFだったように思う。一番最後に収録されている「鉛の卵」…