うみうしの日誌

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Gromacs

APBSmemでタンパク質と脂質膜の相互作用を計算する

脂質膜との相互作用を計算して、タンパク質中のどの残基が膜との相互作用に重要かを知りたかった。 その方法が一応は分かったのでその紹介。これは完全に偉い人が作ってくれたソフトをそのまま使うだけ。 APBSmemでぐぐってみよう。

脂質分子のatom name 

GROMACSで脂質膜を作ったとき、partial densityを表示して脂質頭部、尾部がどこにあるか?を示すことがよくやられる。 このとき、gmx make_ndxで頭部と尾部のグループを含むndxファイルを作り、gmx densityで計算する(JustinさんのところのKALP15 in DPPCの…

アンブレラサンプリングとPMF計算(2)

アンブレラサンプリングとPMF計算の続き とりあえず出来たのだが、だいぶ前になったので忘れてきている。実行したのも研究室のパソコンなのでインプットファイルが手元になく、少し嘘を書くかもしれない。間違いに気づいたら随時修正する。 今回も引き続きJu…

アンブレラサンプリングとPMF計算

Gromacsにできることの一つに、アンブレラサンプリング法というものがある。詳しい説明はググってもらいたい。 私の雑な理解としては、時間発展を諦める代わりにある反応座標(2集団の重心の距離とか、座標とか)におけるエネルギーが計算できる。このエネル…

Gromacsをとりあえず使ってみる

理論をやっている人がどういうモチベーションで分子動力学シミュレーションをするのかちょっと見当がつかないが、実験科学者からするとまずとりあえず使ってみてから考えるというのが1つのアプローチだと思う。私はそうだった。 しかしGromacsはバイナリの配…

Gromacsでシミュレーションしてみる

私のいる研究室では脂質膜とペプチド・タンパク質の相互作用について研究している。だが、相互作用自体の研究というよりはそれを利用した応用の研究で、あまり物理化学やバイオインフォマティクス的手法で研究をすることはない。 個人的にはシグナルが絡まな…