うみうしの日誌

~(・ ω ・)~nullnull

Gromacsでシミュレーションしてみる

私のいる研究室では脂質膜とペプチド・タンパク質の相互作用について研究している。だが、相互作用自体の研究というよりはそれを利用した応用の研究で、あまり物理化学やバイオインフォマティクス的手法で研究をすることはない。
個人的にはシグナルが絡まない範囲の相互作用について調べるなら物理化学的実験やシミュレーションをするのが強力だと思い、自分のPCでシミュレーションをすることにした。

分子動力学シミュレーションには色々なソフトがあるようだが、色んな論文で使われていてネット上の集合知も多いGromacsを私は使っている。
そのとき色々困ったこととか気になったことがあったので、自分へのメモも兼ねて記していこうと思う。あとブログに書くぞ、と思えば英語のメーリングリストとかマニュアルとか読むモチベーションも上がるので。

以下Gromacs関連の記事
Gromacsをとりあえず使ってみる

以下調べて書いていきたいこと
VMDの使い方
主成分分析など
アンブレラサンプリング~PMF
MM-PBSA法