うみうしの日誌

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Gromacsでシミュレーションしてみる

私のいる研究室では脂質膜とペプチド・タンパク質の相互作用について研究している。だが、相互作用自体の研究というよりはそれを利用した応用の研究で、あまり物理化学やバイオインフォマティクス的手法で研究をすることはない。
個人的にはシグナルが絡まない範囲の相互作用について調べるなら物理化学的実験やシミュレーションをするのが強力だと思い、自分のPCでシミュレーションをすることにした。

分子動力学シミュレーションには色々なソフトがあるようだが、色んな論文で使われていてネット上の集合知も多いGromacsを私は使っている。
そのとき色々困ったこととか気になったことがあったので、自分へのメモも兼ねて記していこうと思う。あとブログに書くぞ、と思えば英語のメーリングリストとかマニュアルとか読むモチベーションも上がるので。

以下Gromacs関連の記事
Gromacsをとりあえず使ってみる

以下調べて書いていきたいこと
VMDの使い方
主成分分析など
アンブレラサンプリング~PMF
MM-PBSA法


171007追記
MM-PBSA法については、Gromacsをとりあえず使ってみるでも最後に紹介したBlogの方がやり方を説明していて、例えば酵素とリガンドの結合ならそのときの結合にどの残基がよく効いているかが計算できるようだったので、興味を持っていた。
だが、色々調べたところMM-PBSA法は単純に脂質膜に適用することは難しいらしいとどこかのメーリングリスト有識者が言っていたので、とりあえず保留することにした。
MM-PBSA法でなくもう少し簡単な方法でAβと脂質膜の相互作用について残基ごとの寄与を計算している論文を見つけたので、その方法を調べることにする。

171022追記
MM-PBSA法を脂質膜に適用することが難しいは多分嘘。Blogの方がAmberToolsのMMPBSA.pyというモジュールを利用していたが、このMMPBSA.pyが脂質膜に対応していないようだ。理論的には別に問題なく出来るはず。