うみうしの日誌

~(・ ω ・)~nullnull

脂質分子のatom name 

GROMACSで脂質膜を作ったとき、partial densityを表示して脂質頭部、尾部がどこにあるか?を示すことがよくやられる。
このとき、gmx make_ndxで頭部と尾部のグループを含むndxファイルを作り、gmx densityで計算する(JustinさんのところのKALP15 in DPPCの最後のところを参照)。

で、make_ndxで脂質分子の中の頭部部分の原子だけを指定する作業が必要になるのだが、最初どの名前がどの原子なのか分からなかったし、界隈では自明なのか調べてもあまりヒットしなかったので、ここにメモしておく。
[180930追記]
Justinさんところのチュートリアル(KALP15 in DPPCの最後のところ)が更新されて、名前が示されるようになった。これは神アプデ。

DPPC.itpの中身(一例)

;;
;; Generated by CHARMM-GUI (http://www.charmm-gui.org) v1.7
;;
;; psf2itp.py
;;
;; Correspondance:
;; j712l362@ku.edu or wonpil@ku.edu
;;
;; GROMACS topology file for DPPC
;;


[ moleculetype ]
; name	nrexcl
DPPC	     3

[ atoms ]
; nr	type	resnr	residu	atom	cgnr	charge	mass
     1        NTL      1     DPPC      N      1     -0.600    14.0070   ; qtot -0.600
     2       CTL5      1     DPPC    C13      2     -0.350    12.0110   ; qtot -0.950
     3         HL      1     DPPC   H13A      3      0.250     1.0080   ; qtot -0.700
     4         HL      1     DPPC   H13B      4      0.250     1.0080   ; qtot -0.450
     5         HL      1     DPPC   H13C      5      0.250     1.0080   ; qtot -0.200
     6       CTL5      1     DPPC    C14      6     -0.350    12.0110   ; qtot -0.550
     7         HL      1     DPPC   H14A      7      0.250     1.0080   ; qtot -0.300
     8         HL      1     DPPC   H14B      8      0.250     1.0080   ; qtot -0.050
     9         HL      1     DPPC   H14C      9      0.250     1.0080   ; qtot  0.200
(中略)
[ dihedrals ]
; ai	aj	ak	al	funct	q0	cq
   31    30    33    32     2
   40    39    42    41     2

#ifdef REST_ON
#include "../restraints/DPPC_rest.itp"
#endif

この[atoms]のatomのところ(NとかC13とか)が、VMDのnameで選択できるところ。make_ndxでもここの名前で指定する。
自分が使うのが今のところ基本的にはPOPCだけなので、それだけ。

##POPC head
13 & a N | a C12 | a H12A | a H12B | a C13 | a H13A | a H13B | a H13C | a H14A | a H14B | a H14C | a C15 | a C14 | a H15A | a H15B | a H15C | a C11 | a H11A | a H11B | a P | a O13 | a O14 | a O12 | a O11
##linker
13 & a C1 | a HA | a HB | a C2 | a HS | a O21 | a C21 | a O22 | a C3 | a HX | a HY | a O31 | a C31 | a O32
##tail
13 & a C22 | a H2R | a H2S | a C32 | a H2X | a H2Y | a C23 | a C24 | a C25 | a C26 | a C27 | a C28 | a C29 | a C210 | a C211 | a C212 | a C213 | a C214 | a 215 | a C216 | a C217 | a C218 | a H3R | a H3S | a H4R | a H4S | a H5R | a H5S | a H6R | a H6S | a H7R | a H7S | a H8R | a H8S | a H91 | a H101 | a H11R | a H11S | a H12R | a H12S | a H13R | a H13S | a H14R | a H14S | a H15R | a H15S | a H16R | a H16S | a H17R | a H17S | a H18R | a H18S | a H18T | a C33 | a C34 | a C35 | a C36 | a C37 | a C38 | a C39 | a C310 | a C311 | a C312 | a C313 | a C314 | a C315 | a C316 | a H3X | a H3Y | a H4X | a H4Y | a H5X | a H5Y | a H6X | a H6Y | a H7X | a H7Y | a H8X | a H8Y | a H9X | a H9Y | a H10X | a H10Y | a H11X | a H11Y | a H12X | a H12Y | a H13X | a H13Y | a H14X | a H14Y | a H15X | a H15Y | a H16X | a H16Y | a H16Z

ちゃんと説明を書くのが面倒になったのであとで追記する。
13は自分の系だとindex.ndxでPOPCがグループ13なので。linkerはグリセロールエステルのとこ。