うみうしの日誌

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Gromacsをとりあえず使ってみる

理論をやっている人がどういうモチベーションで分子動力学シミュレーションをするのかちょっと見当がつかないが、実験科学者からするとまずとりあえず使ってみてから考えるというのが1つのアプローチだと思う。私はそうだった。
しかしGromacsはバイナリの配布があるわけでもないので、「とりあえず使ってみる」の段階で既にかなりハードルが高かった。そういうわけで色々試してとりあえず動かしてみることのできた簡単な方法をここで紹介したいと思う。

これで実践できる計算が数学的に大丈夫なのか(近似とか)は私自身は確認していないが、とりあえず使うことがモチベーションなのでそのあたりは後日気にすることにする。

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Gromacsでシミュレーションしてみる

私のいる研究室では脂質膜とペプチド・タンパク質の相互作用について研究している。だが、相互作用自体の研究というよりはそれを利用した応用の研究で、あまり物理化学やバイオインフォマティクス的手法で研究をすることはない。
個人的にはシグナルが絡まない範囲の相互作用について調べるなら物理化学的実験やシミュレーションをするのが強力だと思い、自分のPCでシミュレーションをすることにした。

分子動力学シミュレーションには色々なソフトがあるようだが、色んな論文で使われていてネット上の集合知も多いGromacsを私は使っている。
そのとき色々困ったこととか気になったことがあったので、自分へのメモも兼ねて記していこうと思う。あとブログに書くぞ、と思えば英語のメーリングリストとかマニュアルとか読むモチベーションも上がるので。

以下Gromacs関連の記事
Gromacsをとりあえず使ってみる

以下調べて書いていきたいこと
VMDの使い方
主成分分析など
アンブレラサンプリング~PMF
MM-PBSA法

生化夜話

酵素は以前はタンパク質であると考えられていたが、これはもはや信じられていない。(ブリタニカ百科事典、1929年)
生化夜話 第1回:酵素の-aseは誰のアイディア?
「研究者が飲み会で話せる生化学関係のネタを提供する」ことをコンセプトとして連載されている生化夜話という記事の一つに、こんなことが書いてあった。
酵素は以前はタンパク質であると考えられていたが、これはもはや信じられていない。(ブリタニカ百科事典、1929年)」
という内容については深くは触れられていないが、本当に酵素はタンパク質ではないと信じられていなかった時代もあったらしい。

今の時代だと何だろう。
STAP細胞は以前はあると考えられていたが、これはもはや信じられていない。」とか?

ヴォイニッチ

ヴォイニッチ写本の謎

ヴォイニッチ写本の謎

謎が多い。一冊の本が丸々謎の言語で記されている。謎の植物についての記述だったり、謎の何かについての説明文だったり、むしろ分かっていることの方が少ない。

酩酊おじさん

フィネガンズ・ウェイク 1 (河出文庫)

フィネガンズ・ウェイク 1 (河出文庫)

意味が分からないことで有名な「フィネガンズ・ウェイク」に挑戦してみようと思ったが、予想の遥か先を行く意味不明さだった。

冒頭から早速暴走している。

川走(せんそう)、イブとアダム礼盃亭(れいはいてい)()ぎ、く()岸辺(きしべ)から()(きょく)する(わん)へ、(こん)()()せぬ(めぐ)(みち)媚行(ビコウ)し、(めぐ)(もど)るは栄地四囲委蛇(えいちしいいい)たるホウス(じょう)とその周円(しゅうえん)。」

原文ママである。終始この調子で進む。1と2だけで300ページ以上ある。そして、フィネガンズ・ウェイクは4まである。
「抄訳〜」から読み始めればよかったな。挫折しそうだ。

首切り役人

ある首斬り役人の日記 (白水Uブックス)

ある首斬り役人の日記 (白水Uブックス)

ひたすら記録である。
ドイツの首切り役人の手記をまとめたもの。初めの方は、1つの案件に1行しか割いていない。日付、氏名、罪状、死刑執行法。記述はこれだけ。
後の方になってくると、罪状の部分が膨らんでくる。どんな犯罪を起こしたのか、どんな風に行ったのか。結構えげつない。

そういえば「首切り役人」とあるが、斬首しかしていないわけではないようだ。手記には記されていないが、死刑以外の刑の執行にも関わっているし、絞首刑だって行う。

アゴタ・クリストフ

悪童日記 (ハヤカワepi文庫)

悪童日記 (ハヤカワepi文庫)

ふたりの証拠 (ハヤカワepi文庫)

ふたりの証拠 (ハヤカワepi文庫)

第三の嘘 (ハヤカワepi文庫)

第三の嘘 (ハヤカワepi文庫)

凄い

悪童日記は連作短編的な構成だが、最後の1,2行に強い衝撃を受ける。思わず顔をあげて唸りたくなる。

そして二人の証拠、第三の嘘と続く。この2作は悪童日記と違って普通の長編形式である。
悪童日記に出てくる双子が一体何なのか。それが徐々に明らかになるのだが、後のほうになってぽんっと色々覆してくるからたまらない。

図書館にこのシリーズだけしかなくて、他のものも置いてほしいなぁと思う。